Em consonância com o roteiro básico do processo de avaliação institucional: unidades de avaliação e elementos para a constituição de indicadores (BRASIL/MEC/INEP/SINAES, 2O04: 116-123), a característica primordial do processo de autoavaliação da FCMS/JF é o desenvolvimento de uma avaliação qualitativa dos seguintes indicadores:
1. Missão
2. Corpo de professores/pesquisadores
3. Corpo discente
4. Corpo técnico-administrativo
5. Currículos e programas
6. Produção acadêmico-científica
7. Atividades de extensão e ações de intervenção social
8. Infraestrutura
9. Gestão
Também fazem parte da caracterização desse processo de autoavaliação os dados quantitativos produzidos e disponibilizados nos sistemas de informação dos órgãos oficiais, especialmente os obtidos pelo Censo e pelo cadastro. Portanto, a avaliação qualitativa dos indicadores pode ser complementada com os dados quantitativos.
Sendo assim, o processo de autoavaliação qualitativa pode ser usado para aprofundar os resultados obtidos através da abordagem quantitativa. A união entre os dados quantitativos e a interpretação e análise desses dados terá como resultado um fortalecimento da autoavaliação institucional.