A Comissão Organizadora do Estágio – COE é constituída pelos coordenadores de curso e estágio, professores supervisores de cada área (Ginecologia e Obstetrícia, Pediatria, Urgência e Emergência, Atenção Básica à Saúde, Clinica Médica, Saúde Mental, Saúde Coletiva e Cirurgia) e dois representantes discentes eleitos.
A comissão reúne-se- a ordinariamente 1 vez no semestre, e em reuniões extraordinárias caso haja demanda discente ou docente.
A COE é responsável por resolver situações de exceção que, por ventura, ocorram no decorrer do semestre.